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针对鉴定程序和鉴定结论的适用，诉辩双方均可以提出认可或反驳意见。实践中，当事人通常从鉴定事项受托主体、检材提交及固定问题、鉴定结论评价问题及鉴定人出庭作证问题四个方面提出自己的意见。鉴定事项受托主体问题主要包括鉴定人或鉴定机构的回避问题和其鉴定资质问题两个方面，实践中，当事人否定鉴定机构或鉴定人资质的主张，极难获得人民法院支持，据人民法院裁判文书网公开信息查询，截至目前，尚未发现任何一例判决否定鉴定人或鉴定机构资质。权利人主张作为商业秘密的信息，应当在诉讼程序启动之初便予以固定，必要时，可以在第三方专家协助下固定商业秘密。针对鉴定结论，人民法院应鼓励当事人提出反驳意见并提供反证，涉及公知技术与非公知技术比对鉴定时，技术组合构成的信息内容需要细化，明确具体要素。鉴定人出庭接受交叉询问，对于鉴定结论的可靠性和公允性具有极为重要的作用，同时还利于人民法院和当事人更加清晰的知悉案涉商业秘密的密点及其特性，进而更利于查明基础案件事实。

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